Фамилия Вологжин — классический пример того, как географическое прозвище превратилось в наследственное имя. В её основе лежит слово «вологжа» — так в старину называли жителя Вологды. В ходу были и другие варианты: воложанин, вологодчанин, вологодец, но именно «вологжа» закрепилось как прозвище, а затем и как фамилия.

Вологда известна с XIII века, и её название породило несколько версий происхождения. Самая распространённая связывает его со словом «волок» — местом, где лодки перетаскивали по суше между реками. Другая гипотеза возводит название к финно-угорским языкам, где оно могло означать «чистая вода». Какая из них верна — вопрос открытый, но обе указывают на то, что фамилия Вологжин крепко привязана к северному русскому городу.

Модель образования проста: прозвище Вологжа плюс притяжательный суффикс -ин. Такая модель типична для русских фамилий, возникших из прозвищ на -а/-я и означала «чей?» — то есть сын Вологжи, человек из семьи Вологжи. Это не дворянская фамилия, а крестьянская или посадская: прозвище по месту жительства давали человеку, который переехал из Вологды в другую местность, и за ним закреплялось указание на его происхождение.

Вологжины встречаются в основном в северных и центральных областях России, что логично: чем ближе к Вологде, тем больше шансов, что предок действительно был оттуда родом. Встречается и вариант написания с ударением на второй слог — Вологжин, но произношение на первый слог исторически точнее, так как ударение в слове «Вологда» падает на первый слог.

Сравните с однокоренными фамилиями: Вологжанин, Вологжанинов, Вологодский. Все они образованы от того же корня, но разными суффиксами. Вологжин — самый компактный и обиходный вариант, без лишних формальных наращений.