Фамилия Вологжанинов образована от прозвища Вологжан. Вологжанином (а также воложанином, вологодчанином и вологодцем) называют жителя Вологды, русского города, известного с XIII века. Таким образом, это прозвище указывает на место жительства предка обладателя фамилии Вологжанинов. Есть еще одна гипотеза, по которой город назван в честь реки Вологда (на финно-угорском «чистая вода»).