Фамилия Вологжанина образована от прозвища Вологжанин. Вологжанином (а также воложанином, вологодчанином и вологодцем) называют жителя Вологды, русского города, известного с XIII века. Само название Вологда происходит от мерянского слова «волгыдо» - «белый, светлый». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Вологжанин, со временем получил фамилию Вологжанина.