Фамилия Вологжанников прямо указывает на географическое происхождение предка: её основа — прозвище Вологжанин, то есть житель Вологды. Город известен с XIII века, а первое упоминание в летописях относят к 1147 году. Само название города, скорее всего, происходит от реки Вологда, что на финно-угорских наречиях означает «чистая вода». Человек, переселившийся из Вологды в другую местность, получал прозвище по месту прежнего жительства, и его потомки закрепили эту связь в фамилии.

Обратим внимание на словообразовательную модель. Фамилия построена по схеме «прозвище на -анин → суффикс -ов». Сначала от названия города образовали именование жителя: Вологда → Вологжанин (с чередованием г/ж). Затем к этому прозвищу добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае работает не как «сын такого-то», а как «принадлежащий такому-то»: Вологжанников буквально означает «из семьи Вологжанина». Двойной суффикс -анин-ов — редкая, но встречающаяся модель, характерная для фамилий, образованных от названий жителей городов или регионов.

В отличие от фамилий, просто образованных от топонима с суффиксом -ский (Вологодский), форма Вологжанников недвусмысленно говорит о том, что родоначальник был именно пришлым человеком, «вологодским» на новом месте. Встречается фамилия преимущественно в северных и центральных областях России, что логично для миграционных потоков из Вологодчины. Другие возможные написания — Вологжанинов — отражают ту же основу, но с другой суффиксальной вариацией.