Фамилия Вологжанников, вероятно, образована от прозвища Вологжанин, которое восходит к аналогичному нарицательному. Вологжанином называют жителя Вологды, русского города, известного с XIII века. Датой основания Вологды считается 1147 год, в котором было сделано первое упоминание в летописях преподобного Герасима. Есть еще одна гипотеза, по которой город назван в честь реки Вологда (на финно-угорском «чистая вода»). В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Вологжанин, со временем получил фамилию Вологжанников.