Фамилия Ворожкин — это отчество второго порядка, то есть она отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность конкретному человеку. Её основа — прозвище Ворожка, которое, в свою очередь, произошло от слова «ворожка» — так в старину называли женщину-ворожею, гадалку или знахарку. Суффикс -ин в фамилии Ворожкин стандартно указывает на родство: «сын Ворожки».

Сам корень «ворож-» связан с древнерусским глаголом «ворожити» — колдовать, гадать, заговаривать. В отличие от более распространённой фамилии Ворожцов, где суффикс -ов указывает на прямую принадлежность отцу (Ворожец), форма Ворожкин происходит от женского или уменьшительного варианта прозвища. Это нередкий случай: в русских семьях могли прозвать Ворожкой не только женщину, но и мужчину, занимавшегося знахарством, — такое прозвище закреплялось за главой дома и переходило к детям.

Фамилия Ворожкин относительно редкая. По данным переписей населения XIX — начала XX века, она встречалась преимущественно в центральных губерниях России: Владимирской, Костромской, Нижегородской. Это согласуется с тем, что в этих областях долго сохранялись традиции народной медицины и деревенского колдовства, а знахари (часто их называли ворожеями) были заметными фигурами в общине. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна Ворожкина нет, но модель образования — от прозвища на -ка с суффиксом -ин — типологически идентична фамилиям Пряхин, Швеин, Косинкин.

Таким образом, предок современных Ворожкиных с высокой вероятностью был либо знахарем, либо человеком, за которым в деревне закрепилась слава колдуна или гадальщика. Фамилия не связана с официальным сословием или профессией, а отражает народное прозвище по занятию или репутации.