Фамилия Ворожков в своей основе содержит слово, которое в русских говорах имело два значения — «ворожба» (колдовство, гадание) и «ворожка» (ворожея, знахарка). Однако прямой путь к фамилии не такой очевидный: между прозвищем и современной формой стоит суффикс -к-, который меняет смысл.

Скорее всего, исходным было прозвище Ворожок. Так могли назвать человека, который занимался ворожбой, лечил заговорами или предсказывал судьбу. В крестьянской среде знахарь — фигура заметная, и прозвище легко прилипало. Суффикс -ок в прозвище указывал на лицо по действию (ср. «игрок», «свисток»). Потом к основе Ворожок- добавился типичный русский фамильный суффикс -ов, и получилась фамилия Ворожков. Модель образования та же, что у фамилий Сорокин (от Сорока), Кожевников (от Кожевник), только здесь прозвище уже имело суффикс, поэтому конечное -к- перед -ов осталось, а -ок сократилось.

Менее вероятная версия — связь с глаголом «ворожить» напрямую, то есть основа Ворож- плюс суффикс -к- (как в фамилиях Бородкин, Хвостков). Но тогда ожидалась бы форма Ворожкин, а не Ворожков. Суффикс -к- в русских фамилиях чаще присоединяется к основам на гласный или к именам на -а, -я (Ваня — Ванин, но Ваньков — уже от Ванька). Прозвище Ворожок как уменьшительное или прозвищное имя объясняет конечное -ов лучше.

Географически фамилия Ворожков встречается в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. В этих местах в XIX веке знахарство и народная медицина были распространены, и прозвища по ремеслу давали часто. В документах XVII–XVIII веков фамилия не зафиксирована, что типично для прозвищных фамилий из крестьянской среды — они оформлялись позже, после отмены крепостного права, когда крестьянам массово записывали фамилии по прозвищам отцов.

Родственная фамилия — Ворожейкин (от «ворожейка»), но она образована по другой модели, с суффиксом -ейк-. Ворожков стоит особняком: в ней сохранился оттенок не столько профессионального занятия, сколько личного прозвища — Ворожок, то есть «маленький колдун» или «сын ворожеи». В быту прозвище могло закрепиться за человеком, который просто любил рассказывать страшные истории или знал народные приметы, а не обязательно практиковал магию.