Фамилия Вовченко — яркий пример древней славянской модели именования, в основе которой лежит мирское имя Вовк. Это украинская форма общеславянского слова «волк». Такие имена были распространены у многих народов: немецкое Вольф, сербское Вук, тюркское Бюрю. У славян имя Волк и его производные (Волчок, Волчко, Вук, Вильк) считались одними из самых ранних и популярных. Болгары, например, верили, что такое имя служит оберегом от встречи с хищником: человек, названный Волком, становился как бы «своим» для лесного зверя, и тот не причинял ему вреда.

Фамилию Вовченко могли дать потомкам человека, которого в быту звали Вовк. Прозвище это носило двойственный смысл. С одной стороны, волк символизировал жестокость, ярость и алчность — такие черты могли приписывать обладателю имени. С другой — волк в народном сознании был одиночкой, поэтому Вовком могли называть нелюдимого, настороженного человека.

Есть и альтернативная, менее распространённая версия. Имя Вовка могло быть краткой формой от крестильного имени Владимир. Первая часть этого имени восходит к слову «владь» (власть), вторая — к «миръ» (спокойствие) или «міръ» (вселенная). То есть Владимир — «владеющий миром» или «правящий мирно». Однако после Крещения Руси в 988 году древние славянские имена постепенно вытеснялись христианскими, и фамилии на их основе чаще всего указывают на языческое, а не на крестильное происхождение. Поэтому версия с мирским именем Вовк выглядит убедительнее.

Суффикс -енко — типичный украинский и белорусский патронимический формант, означающий «маленький», «сын» или «потомок». Вовченко — буквально «сын Вовка». Чередование звуков ч/к в суффиксе (Вовк → Вовченко) — результат обычных фонетических процессов в русском языке при адаптации украинской фамилии.

В документах начала XX века фамилия встречается в Воронежской области и на хуторах юга России. Например, в 1918 году на хуторе Бублик Николаевского района родился Андрей Митрофанович Вовченко, а в 1914 году в селе Сыроватское Алексеевского района — Василий Григорьевич Вовченко. Встречаются носители и за Уралом: в 1947 году в Томской области родилась Галина Николаевна Вовченко. Эта география подтверждает, что фамилия распространилась вместе с переселенцами из украинских и южнорусских земель в Сибирь.