Фамилия Выгоныйло — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти на сто процентов сохранило свою первоначальную глагольную форму, не превратившись в типичное притяжательное прилагательное. В русских и украинских фамилиях суффикс -ло нередко указывает на деятеля, на человека, который постоянно или однажды совершил действие, названное глаголом. Сравните: Непейло (тот, кто не пьёт), Палило (тот, кто палит), Загинайло (тот, кто загибает). Выгоныйло — это «тот, кто выгоняет» или «тот, кто выгнал».

Основа здесь — глагол «выгонять» (выгонити в древнерусском). Первое, что приходит на ум, — выгонять скот. Прозвище могли дать пастуху, который каждое утро выгонял стадо на пастбище. Но есть и другой, менее очевидный смысл: «выгонять» в значении «изгонять, прогонять прочь». В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком с крутым нравом, который легко выставлял незваных гостей за дверь, или за должностным лицом вроде сельского выгонщика — того, кто следил за порядком на общественных выгонах.

Фамилия явно восточнославянская, скорее всего украинского или белорусского происхождения. В русской ономастике конструкция с суффиксом -ло больше характерна для южных и западных регионов. Встречаются однокоренные фамилии с тем же корнем, но с другими формантами: Выгонов, Выгонный, Выгоняев. Форма Выгоныйло — самая прямая и живая, она не даёт забыть, что перед нами не просто фамилия, а застывшее действие, ежедневный труд или яркая черта характера далёкого предка.

О дворянском происхождении или принадлежности к какому-либо сословию данных нет. Фамилия не встречается в родословных книгах Российской империи, что указывает на её крестьянские или казачьи корни. В современных базах она крайне редка, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: каждый носитель, скорее всего, состоит в близком родстве с остальными.