Фамилия Выскубина — женская форма, но в центре внимания, конечно, мужской вариант Выскубин. Здесь работает редкая и показательная словообразовательная модель: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то» или «из дома такого-то». Основа — Выскуба. Это не церковное имя, а прозвище, причём настолько выразительное, что сразу даёт ключ к характеру или занятию предка.

Разбираем корень. В нём слышится глагол «выскребать» или «выскабливать» — чистить, скоблить, снимать верхний слой. В старых русских говорах слово «выскубок» или «выскуб» могло означать человека, который выскребает что-то дочиста. Самый прямой смысл — ремесленный: скорняк или кожевник, который выскабливал мездру со шкур, или бондарь, выскребавший внутренность долблёной посуды. Но прозвище легко давали и по характеру: «выскубой» в некоторых диалектах называли въедливого, дотошного человека, который «выскребает» правду или придирается к мелочам.

Географически фамилия редкая, но имеет заметный след на Русском Севере и в Поволжье. В архангельских и вологодских переписях XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Выскуб, а в писцовых книгах — Выскубовы, что говорит о раннем закреплении прозвища в качестве фамилии. Суффикс -ин вместо более частого -ов тоже намекает на северное или северо-восточное происхождение: на Севере и в Сибири притяжательные фамилии на -ин от основ на согласный (как Выскуба) образовывались активнее, чем в центральных областях.

Правдоподобнее всего версия о ремесле. Скорняжное дело было массовым в северных деревнях, а прозвище «Выскуб» — одно из многих «инструментальных» имён, которые давали по орудию труда или действию (ср. Скобель, Долбило, Скребок). Версия о характере — вторична, но не исключена: в говорах слово «выскуба» могло означать и скупого, прижимистого человека, который «выскребает» последнее. В любом случае, носитель фамилии Выскубин (или Выскубина) происходит от предка, чьё прозвище звучало грубовато, но точно — его либо знали по работе, либо по крутому нраву.