Фамилия Высокина по происхождению — отчество второго порядка: её основа — прозвище Высокий, а суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Высокина, то есть дочь или жена Высокого). В русской ономастике фамилии на -ин образуются от основ на -а, -я и от прилагательных, поэтому Высокина стоит в одном ряду с Толстихиным, Малениным или Широковым (через форму Широкий → Широкин, но с чередованием).

Самая прямая версия — прозвище Высокий дали человеку из-за роста. Высокий рост в крестьянской среде был заметной приметой, которую фиксировали в переписных книгах. Менее вероятно, но возможно, что прозвище закрепилось за тем, кто «выслужился», занял более высокое положение — в документах XV–XVII веков встречаются «высокие люди» в значении «знатные, чиновные». Однако для рядового носителя фамилии эта версия менее надёжна: большинство русских фамилий такого типа отражают внешность, а не социальный статус.

Не стоит сбрасывать со счетов и топонимическую версию. Села и деревни Высоково (от прилагательного «высокий» в значении «расположенный на возвышенности») встречаются в десятках регионов — от Нижегородской до Московской области. Житель такого села мог получить прозвище Высоковский, которое в бытовой речи сократилось до Высокий, а затем дало фамилию Высокин. В пользу этой версии говорит то, что фамилия Высокина встречается в тех же регионах, где распространены топонимы Высоково — например, в документах по Владимирской и Рязанской губерниям XIX века.

Форма Высокина (женский вариант) исторически могла принадлежать женщине — вдове или дочери Высокого, но в современном употреблении это фамилия, передающаяся по мужской линии. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ин от прозвищ-прилагательных описана как одна из древнейших, и Высокина — её типичный пример.