Фамилия Высоковский — это типичный пример фамилии-топонима, то есть образованной от названия местности. Самый прямой и вероятный путь её происхождения — от названия села или деревни Высоково. Таких населенных пунктов на территории России десятки: от Московской области до Нижегородской, Ростовской и Владимирской. Предок, получивший фамилию Высоковский, скорее всего, был выходцем из одного из таких сел — переселился в другой город или регион, и по месту прежнего жительства его прозвали Высоковским.

В этой модели работает типичный для шляхетской и духовной среды суффикс -ский. Первоначально такие фамилии указывали на дворянское происхождение или принадлежность к духовенству, но со временем распространились и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным нередко давали фамилии по названиям покинутых деревень.

Менее распространенная, но возможная версия — прозвищное происхождение. В основе могло лежать прозвище Высокий, которое давали человеку за высокий рост. Суффикс -овск- в этом случае работает как притяжательный: «Высоковский» — значит «из рода Высокого». Третья, совсем редкая гипотеза связывает прозвище Высокий не с ростом, а с социальным положением — так могли назвать человека, сделавшего карьеру, «высоко поднявшегося» по службе. Эта версия, однако, слабее: в русской ономастике прозвища по социальному статусу обычно оформляются иначе (например, Бояринов, Князев), без добавления суффикса -ск-.

Фамилия Высоковский — не самая частая, но и не уникальная. Её однокоренные «родственники» — Высоцкий (от Высоцк или Высокое) и Высоков (от Высокий без топонимического суффикса). Разница в суффиксе как раз и указывает на разный путь образования: Высоковские почти наверняка «земляки» по названию села, а не просто потомки высокого человека. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но по модели образования она может относиться к XVI–XVII векам — периоду активного формирования фамилий у служилых людей и духовенства.