Фамилия Яговитин представляет собой фонетический вариант фамилии Юговитин, которая восходит к прозвищу Юговита. Это прозвище восходит к названию реки Юг, впадающей в Северную Двину. Вполне вероятно, что предок Яговтиных родился или долгое время жил на берегу этого водоема. В документах XVIII века упоминается: «Семен Лаврентьев сын Яговитин, появившийся в деревни Новое Трифоново к 1703 году, родившийся на реке Юг, впадающей в Северную Двину». Так и прозвище Яговита закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Яговитин. Суффикс -итин встречается в старинных топонимических прозвищах: москвитин -«москвитянин», «москвич», тверитин - «тверчанин», веневитин - «выходец из Венева», костромитин - «костромич». Потом конечная часть прозвищного суффикса -итин стала восприниматься как фамильный суффикс принадлежности -ин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Яговита, со временем получил фамилию Яговитин.