Фамилия Яговиов — редкая и с первого взгляда загадочная. Её необычность кроется в суффиксе: окончание -ов привычно, но основа Ягови- явно не от имени Яков. Скорее всего, перед нами патроним (фамилия по отцу), но образованный не напрямую от имени, а от его производной формы. Наиболее вероятная основа — просторечное или диалектное имя Яговий. В русской ономастике известны случаи, когда церковное имя Иаков (он же Яков) в народе получало такие формы, как Яговей, Яговий. Отчество от такого имени — Яговиев — со временем утратило один из гласных, превратившись в Яговиов. Подобное стяжение встречается в фамилиях вроде Дмитриев → Дмитров.

Есть и другая, менее популярная версия: связь с тюркским корнем «яг» (масло, жир). В этом случае прозвище Яговий могли дать торговцу маслом или скотоводу. Однако против этой гипотезы говорит география: фамилия Яговиов встречается преимущественно в русских регионах, особенно на Урале и в Сибири, куда переселенцы принесли её из центральных губерний. Тюркские корни в чистом виде там редки.

Специфика написания — с двумя «о» в конце (Яговиов, а не Яговиев) — указывает на то, что фамилия фиксировалась в документах уже в усечённом виде, возможно, в XIX веке в среде крестьян или мещан, где грамотность была низкой, а написание «на слух» закреплялось. Таким образом, предки носителя фамилии — скорее всего, русские крестьяне или посадские люди, чей родоначальник носил неканоническое имя Яговий, производное от Якова. Фамилия не дворянская, не купеческая — её бытование ограничено простонародной средой.