Фамилия Яговова — женская форма, а мужская — Яговов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Яговой. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «чей?» — «Яговов», то есть сын или потомок Ягового.

Корень «яг-» в русских говорах многозначен. Самая вероятная версия ведёт к диалектному слову «ягой» — так в некоторых регионах называли злого, сварливого или ворчливого человека. В псковских и тверских говорах «ягаться» означало «браниться, ссориться», а «яговитый» — «задорный, бранчливый». Таким образом, Яговой — прозвище по характеру: неуживчивый, склочный человек. Второй вариант, менее распространённый, связывает корень с «яглый» (ярый, горячий, ретивый) — тогда прозвище могло относиться к человеку пылкому или усердному в работе.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -ой (сравните: Толстой — Толстов, Косой — Косов). Фамилия закрепилась в центральных и северо-западных областях России. Встречается в архивных записях по Тверской, Ярославской и Вологодской губерниям — как раз там, где слово «ягой» фиксировалось диалектологами.

Связь с Бабой-Ягой, которую в сказках тоже называли Ягой, возможна лишь как далёкая параллель: в древнерусском языке «яга» означало «ведьма, злая баба», но прозвище Яговой скорее относилось к мужчине с тяжёлым нравом, а не к колдуну. Имя-оберег, данное «от злого глаза», тоже не исключено — в крестьянской среде детей нарекали неблагозвучными прозвищами, чтобы отвести порчу.

Встречаются варианты написания Ягавов, Ягевов — они отражают местное произношение (аканье или яканье). В современных телефонных справочниках Ягововы рассеяны по всей России, но заметная часть сосредоточена в Костромской и Нижегородской областях, что подтверждает северо-восточный ареал фамилии.