Фамилия Яговенко образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Ягов, которое, в свою очередь, восходит к крестильному имени Яков (церковнославянская форма Иаков). В народной речи имя Яков часто сокращалось и видоизменялось: возникали формы Яг, Яга, Ягов. Так, Яговенко — это буквально «потомок Ягова», то есть человека, которого в быту звали Яг или Ягов.

Существует и менее очевидная, но лингвистически возможная версия, связывающая основу с диалектным словом «яг» или «яга». В южнорусских и украинских говорах «яга» могло означать «беспокойный человек», «крикун» или даже «ведьма» (в сказочном контексте). Однако для фамилии Яговенко эта версия менее вероятна: прозвища с таким значением обычно образовывали фамилии с другими суффиксами, а форма на -енко почти всегда указывает на патроним — происхождение от имени отца.

Географически фамилия Яговенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где суффикс -енко исторически был доминирующим. В России она встречается реже и часто фиксируется среди потомков переселенцев с Украины. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди крестьян и казаков, что типично для украинских фамилий этой модели: они не указывали на дворянское происхождение, а просто обозначали семейную принадлежность.

Обратите внимание на написание: фамилия пишется через «Я», а не через «Е» или «И», что сохраняет связь с исходным именем Яков. Встречающийся вариант Яговенко с ударением на последний слог — норма для украинского произношения, в русском языке ударение может смещаться на второй слог (Яго́венко).