Фамилия Якубу в русском контексте — явный случай позднего заимствования. Её основа — арабское имя Якуб (يعقوب), соответствующее библейскому Иакову и ветхозаветному патриарху, от которого пошли двенадцать колен Израилевых. В исламской традиции Якуб — пророк, сын Исхака. Фамилия образована без привычного для русской ономастики суффикса (-ов, -ев, -ин), то есть попала в русский язык в «готовом» виде, а не путём прибавления патронимического окончания.

Носители фамилии Якубу в России и странах бывшего СССР — это почти всегда потомки выходцев с Кавказа, прежде всего из Дагестана. У народов лезгинской группы и у некоторых других дагестанских этносов имя Якуб широко распространено, а фамилия часто передаётся без изменений, по национальной модели. Встречается она и у татар, башкир, но там чаще закрепляются формы с русским суффиксом — Якупов.

Интересная деталь: фамилия может иметь два ударения — на последний слог (Якубу́) или на первый (Я́кубу), в зависимости от того, на каком языке говорят носители. В аварском, например, ударение часто падает на последний слог, в лезгинском — на первый. В русском языке точного правила нет, и это создаёт путаницу в документах.

По социальному происхождению предки Якубу скорее всего были горцами, крестьянами или ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционной России не зафиксировано — это фамилия народная, не связанная с привилегированными сословиями. Встречается она редко, и каждый её носитель, по сути, хранит прямую связь с арабским именем, пришедшим на Кавказ вместе с исламом.