Фамилия Якубуин встречается редко, и её происхождение лежит не в русской, а в восточной или кавказской ономастической традиции. Основа фамилии — личное имя Якуб, арабская и тюркская форма библейского и коранического имени Иаков (Йакуб). В исламской культуре это имя широко распространено, и от него образовано множество фамилий у народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии.

Суффикс -ин в данном случае не указывает на принадлежность («чей?») в классическом русском значении. Скорее всего, это русифицированное окончание, которое появилось при адаптации фамилии в документах Российской империи. Фамилия могла изначально звучать как Якубов, Якуб-оглы или Якубу, а при записи в метриках или переписях получила привычное для чиновников окончание -ин. Другой вариант: суффикс -уин указывает на более сложную модель образования, характерную для фамилий некоторых народов Дагестана или Азербайджана, где к имени добавляли родовой или топонимический показатель.

Социальный слой предков Якубуиных, вероятнее всего, составляли крестьяне или горожане, принявшие православие либо жившие в полиэтничной среде. Встречается фамилия преимущественно в южных регионах России, в Ставропольском крае и республиках Северного Кавказа. География бытования и редкость фамилии указывают на её локальный характер: она могла закрепиться за одним родом или выходцами из одного аула, кишлака.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Якубов, Якубович, Якубенко) показывает, что Якубуин — не результат простого прибавления суффикса, а, скорее всего, фонетическая или орфографическая запись иноязычного прозвища. Например, в некоторых тюркских языках «якубу» может означать «сын Якуба» или «принадлежащий Якубу», и добавление русского -ин лишь закрепило эту форму в паспортах.