Фамилия Якубянский — редкий случай, когда польская модель образования (-ский) наложилась на армянскую основу. В большинстве фамилий на -ский корень либо географический, либо церковнославянский, а здесь мы видим армянское имя Якуб (армянская форма библейского Иаков, то есть Яков). Получается, что перед нами гибрид: армянское имя «облагородили» польским суффиксом, который в Речи Посполитой указывал на шляхетское происхождение или владение землёй.

Скорее всего, предок носителя фамилии был армянином, жившим на территории бывшей Речи Посполитой — в Западной Украине, Беларуси или Подолье. Армянские общины там появились ещё в XIV–XV веках, занимались торговлей и ремёслами. Если человек носил имя Якуб (Яков), его потомки могли получить фамилию Якубянский по той же логике, что и польские шляхтичи брали фамилии от имён отцов с добавлением -ский. То есть буквально «принадлежащий Якубу», «из рода Якуба».

Менее вероятно, но возможно и чисто топонимическое происхождение: на территории Польши и Украины есть несколько деревень с корнем Якуб- (Якубяны, Якубовцы). Если бы фамилия образовалась от названия деревни, она звучала бы как Якубовский или Якубянский — тут тонкость в суффиксе -ян-, который в польском языке нехарактерен для топонимов, зато типичен для армянских фамилий (например, Аветисян, Мкртчян). Поэтому версия с армянским именем выглядит убедительнее.

Словообразовательно фамилия проста: основа Якуб- + армянский патронимический суффикс -ян- (указывающий на происхождение от отца) + польский суффикс -ский. В русском языке ударение, скорее всего, на втором слоге — Яку́бянский, хотя в польском варианте могло быть и на третьем.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не фиксируется, что подтверждает её позднее оформление — скорее всего, уже в XIX веке, когда армянские переселенцы на западных окраинах империи начали адаптировать свои фамилии под местные модели. Сословно носители могли быть как мещанами-торговцами, так и мелкой шляхтой, если предок сумел получить гербовый привилей, но документальных подтверждений этому нет.