Фамилия Якуть звучит непривычно для русского уха — в ней нет типичного суффикса -ов или -ин, зато есть мягкий конечный согласный и ударение на последний слог. Это прямой намёк на её происхождение: перед нами не русифицированная форма, а исходная белорусская или украинская фамилия, записанная так, как она произносилась в местных говорах.

В основе фамилии лежит личное имя Якут. В старину так на русских землях могли называть человека, имевшего отношение к якутам — либо по роду занятий (торговец пушниной, служилый человек, бывавший в Сибири), либо по внешнему сходству. Однако гораздо более вероятна другая версия: Якут — это народная, обиходная форма канонического имени Иаков (Яков). В белорусском и украинском языке имя Яков трансформировалось в Якуб, а уменьшительные формы давали Якусь, Якут. Суффикс -ут- здесь выполняет ту же роль, что и -к- в Яшка или -сь- в Якусь: он указывает на ласкательное или фамильярное обращение.

Фамилия Якуть образована по восточнославянской модели без дополнительного патронимического суффикса. В Беларуси и на западе Украины такие «голые» фамилии на согласный (Коваль, Гончар, Якуть) — обычное дело. Они закреплялись за человеком как прозвище или уличное имя, а затем передавались детям без изменений. Таким образом, предок носителя фамилии Якуть — это, скорее всего, человек по имени Якут, то есть Яков, живший на территории современной Беларуси или Западной Украины.

Встречается фамилия и в польском написании — Jakuć, что подтверждает её западные корни. В русском языке она не получила суффиксального оформления, потому что попала в официальные документы уже в сложившемся виде, без адаптации под московскую норму. Это редкий случай, когда фамилия сохранила живую разговорную форму имени без канцелярской обработки.