Фамилия Ялпаев — один из тех случаев, где основа не поддаётся однозначному истолкованию, но при этом хорошо видна модель образования. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: Ялпаев — сын или потомок человека по имени или прозвищу Ялпай. Формант -ай характерен для тюркских имён и прозвищ, часто ласкательных или уменьшительных (ср. Алпай, Каратай, Толубай). Значит, искать корень фамилии нужно в тюркских языках.

Самая вероятная версия связывает основу «ялп» с тюркским корнем, означающим «плоский», «широкий», «расплющенный». В некоторых тюркских наречиях «ялпак» или «ялпы» — это нечто плоское, приплюснутое. Прозвище Ялпай могли дать человеку с широким лицом, приземистой фигурой или даже с определённой манерой поведения — медлительной, «развалистой». В ономастике такие прозвища по внешнему признаку — одна из самых частых основ.

Менее распространённая, но не исключённая гипотеза — связь с тюркским «ялп» в значении «блеск», «сияние» (ср. «ялпылдау» — сверкать). Тогда Ялпай — это «блистающий», «сверкающий», и прозвище могло быть почётным, образным. Однако для фамилий, образованных от внешних черт, первая версия более типична и встречается в тюркских фамилиях чаще.

Географически фамилия Ялпаев тяготеет к Поволжью и Приуралью. Она встречается у татар, башкир, а также среди чувашей и русских, живущих в смешанных регионах. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении — от конкретного прозвища в одном или нескольких соседних селениях. В дореволюционных метриках и ревизских сказках фамилия фиксируется в Казанской и Уфимской губерниях.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — она крестьянская или мещанская по происхождению, как и подавляющее большинство русских и тюркских фамилий на -ев. Носители фамилии не оставили заметного следа в истории, но это не делает её менее интересной: она — живой след тюркского прозвища, которое почти наверняка описывало конкретного человека, его внешность или характер.