Фамилия Ямакин — редкий пример, когда основа, на первый взгляд, очевидна, а на деле ставит в тупик. Самое простое объяснение — от слова «яма». Но в русских фамилиях редко работают прямые значения. Скорее всего, прозвище Ямака дали человеку, жившему в низине, в овраге (в яме), либо тому, кто копал ямы — колодцы, погреба, фундаменты. В северных и сибирских говорах «ямаком» могли называть лесного зверя, живущего в норе, или даже нелюдимого, замкнутого человека. Учитывая, что суффикс -ак в прозвищах часто придавал оттенок характерности (гуляка, работяка, зевака), Ямака — это не просто «тот, кто у ямы», а человек, прочно связанный с этим местом или занятием.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: прозвище на -а (Ямака) плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей-то, сын кого-то». То есть Ямакин — буквально «сын Ямаки». Форма на -ин, а не на -ов, указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на -а, что характерно для прозвищ, образованных от существительных женского рода или уменьшительных форм. В этом смысле фамилия стоит в одном ряду с Ракитиным, Козявиным, Гулякиным.

Географически фамилия Ямакин не привязана к какой-то одной области, но заметна в Поволжье и на Урале. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища в конкретной деревне или слободе. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но массового дворянского рода Ямакиных не сложилось — фамилия осталась в основном крестьянской и мещанской среде.

Любопытно, что в некоторых говорах «ямака» означало не только углубление, но и «лакомку», «обжору» — от глагола «ямать» (есть, хватать ртом). Эта версия менее распространена, но имеет право на существование: прозвища по пищевым привычкам в русской ономастике не редкость (Едакин, Хлебакин). Однако в случае с Ямакиным связь с рельефом или профессией выглядит убедительнее, так как даёт более наглядную и устойчивую примету для именования.