Фамилия Ямаков — яркий пример того, как географическое название или особенность ландшафта могут лечь в основу родового имени. В её основе лежит слово «яма» — распространённый топоним и элемент рельефа. Однако, в отличие от фамилий, образованных от названий крупных рек или городов, Ямаков отсылает к чему-то более локальному: конкретному оврагу, низине, углублению, где жил человек, или даже к названию небольшого поселения, например, деревни Яма, Ямки, Ямская.

Модель образования проста и типична для русского севера, Поволжья и Сибири: суффикс -ов присоединился к основе «Ямак». Это слово могло быть прозвищем человека, жившего у ямы, либо уменьшительной формой от топонима Яма (Яма + -ак). В таком случае Ямак — это житель урочища Яма или выходец из села с похожим названием. Суффикс -ак в русских прозвищах часто указывал на принадлежность к месту (ср. Слобожак — житель слободы, Поляк — из поля, но здесь в переносном смысле).

Есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «ямак» могло означать не просто яму, а специальное углубление для хранения зерна или овощей, то есть погреб. Прозвище Ямак могли дать крестьянину, который копал такие хранилища, или человеку, жившему при большом общем погребе. Эта гипотеза связывает фамилию с конкретным ремеслом, а не с местом жительства, хотя обе версии не противоречат друг другу и могли существовать параллельно.

Фамилия Ямаков не относится к числу аристократических или дворянских (в столбцах родословных книг она не встречается). Это типичная крестьянская или посадская фамилия, которая закрепилась за родом в XVII–XIX веках. Встречается она преимущественно в регионах с развитой сельской топонимикой: в Вятской, Пермской, Костромской губерниях, а также на Урале, где множество деревень с названиями Яма, Ямка, Ямки. Так что предки современного носителя фамилии с высокой вероятностью жили в глубинке, на земле, чьё имя дала им природа.