Фамилия Яндуткин — редкий случай, когда основа ясна, а суффикс необычен. Если отбросить фамильный суффикс -ин, получится основа «Яндутк». Это усечённая форма от имени или прозвища Яндутка, которое, в свою очередь, образовано от имени Яндута.

Корень здесь — имя Ян, одна из народных форм канонического имени Иоанн (Иван). В русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, от Ивана пошли десятки производных: Янька, Яня, Януш, Яндрей, Яндуш. Форма Яндута возникла с помощью суффикса -ут(а), который в русских диалектах придавал имени ласкательный или, наоборот, пренебрежительный оттенок (ср. Ванюта, Петрута). Далее от Яндуты с помощью уменьшительного суффикса -к(а) сделали Яндутку — так могли называть сына Яндуты или просто человека маленького роста или младшего по возрасту.

Географически фамилия Яндуткин привязана к регионам, где были сильны диалектные формы имени Иван. Чаще всего она встречается в Чувашии, Татарстане, Марий Эл и соседних областях — в зоне финно-угорского и тюркского влияния, где русские имена адаптировались к местному произношению. В чувашском языке, например, имя Иван звучало как Йăван, а уменьшительные формы легко превращались в Яндуш, Яндутка. Поэтому Яндуткин — скорее всего, фамилия крестьянская, патронимическая, то есть указывающая на отца по имени Яндутка.

Интересно, что суффикс -утк- встречается в русских фамилиях нечасто. Можно сравнить с фамилиями Моруткин (от Морута, народной формы имени Мор — Мороз или Мордвин) или Хоруткин. Такая модель образования говорит о том, что фамилия сложилась в устной среде, без книжного влияния, и закрепилась в тех местах, где местные говоры сохраняли старые суффиксы.

Версия о тюркских корнях (например, от слова «яндык» — ошибка, или «ян» — душа) маловероятна: суффикс -утк- нехарактерен для тюркских языков, а русское окончание -ин однозначно указывает на славянское происхождение основы. Так что предки современных Яндуткиных — русские крестьяне или обрусевшие народы Поволжья, получившие фамилию по имени-прозвищу своего родоначальника.