Фамилия Яшкунова — женская форма от Яшкунов, и её разумнее начинать с мужского варианта. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который в данном случае присоединён к основе Яшкун. Эта основа — не что иное, как производная форма от имени Яков. В русских говорах и в быту имя Яков часто сокращали и видоизменяли: Яша, Яшка, Яшута, Яшутка. Форма Яшкун — один из таких вариантов, характерный для северных и центральных областей России. Суффикс -ун в прозвищах и именах обычно придавал оттенок просторечия или указывал на человека, склонного к какому-либо действию, но здесь он работает скорее как словообразовательный элемент, создающий новую форму от имени (сравните: Иван — Иван-ун, Пётр — Петрун). Таким образом, Яшкун — это Яков, но в той народной форме, которая закрепилась как прозвище или неофициальное имя.

Фамилии на -ун-ов встречаются нечасто, и это одна из деталей, которая выделяет Яшкуновых среди многочисленных Яковлевых, Яшиных и Яшкиных. Если Яковлевы — это прямое указание на отчество от канонической формы, а Яшины — от уменьшительной Яша, то Яшкуновы стоят особняком: их предка, скорее всего, звали не просто Яков, а именно Яшкун. В документах XVI–XVII веков такие формы фиксировались как прозвища, и лишь потом, при закреплении фамилий, они превратились в родовые именования. Социально носители фамилии, вероятно, относились к крестьянскому или посадскому сословию — в дворянской среде предпочитали более «благозвучные» отчества.

Географически фамилия Яшкунов (и Яшкунова) наиболее распространена в Поволжье и на Урале. Встречается в республике Марий Эл, в Кировской, Нижегородской, Свердловской областях. Это косвенно подтверждает связь с севернорусскими говорами, где любили суффикс -ун. Встречается и вариант написания Яшкунов, но он редок. Если вы ищете предков, стоит обратить внимание на метрические книги именно этих регионов — там фамилия могла писаться через «о» или «а» в окончании, а в основе почти всегда оставалась неизменной.