Фамилия Юшаева — женская форма фамилии Юшаев, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Юшай. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, которые произошли от полных христианских имён, Юшаев явно восходит к тюркскому или кавказскому корню.

Основа фамилии — имя Юшай. В тюркских языках (татарском, башкирском, кумыкском) имя Юшай — это одна из народных форм библейского имени Иисус (в исламе — пророк Иса). Через арабское влияние имя трансформировалось в Йуша, Йушай, а затем в просторечное Юшай. Встречается и другая версия: от тюркского слова «юш» (друг, товарищ) с уменьшительным аффиксом -ай, то есть Юшай — «дружок», «приятель». Но первая версия, через имя пророка, встречается в ономастических справочниках чаще.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Юшаев буквально означает «сын Юшая». Это типичная модель для фамилий народов Поволжья и Северного Кавказа, где русский патронимический суффикс наложился на местное имя. Ударение в фамилии, скорее всего, на второй слог — Юшáев.

Географически фамилия Юшаев/Юшаева распространена среди татар, башкир, а также у народов Дагестана (особенно у кумыков и лезгин). В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда крестьянам и горцам массово давали фамилии по имени отца. Предки носителей фамилии могли быть муллами, ремесленниками или крестьянами — сословная принадлежность по одной фамилии не определяется, так как имя Юшай встречалось в разных социальных слоях.

Редкость фамилии в том, что она сохранила древнюю народную форму имени, которая в официальной исламской традиции почти вытеснена арабским вариантом «Иса». Юшаева — живое свидетельство того, как через имя в фамилии закрепился местный говор и доарабское произношение.