Фамилия Юстинский — редкий пример, где церковное имя и географический суффикс встретились в одном слове, но не в самой очевидной форме. Основа здесь — каноническое имя Юстин (от латинского justus — «справедливый»). В святцах это имя носили несколько раннехристианских мучеников, включая философа-апологета Иустина. Однако фамилия образована не через стандартный русский суффикс -ов (Юстинов), а через -ский, что сразу указывает на иной механизм появления.

Суффикс -ский в русских фамилиях почти всегда означает связь с местом или с польско-шляхетской традицией. В случае Юстинского логичнее всего предположить, что фамилия происходит от географического названия: села, хутора или усадьбы с корнем «Юстин-» (например, Юстиновка, Юстино). Такие топонимы могли появиться в западных губерниях Российской империи, где было сильное польское влияние и где имя Юстин (польск. Justyn) встречалось чаще, чем в центральной России. Владелец имения или переселенец оттуда получал прозвание «Юстинский» — то есть «тот, кто из Юстина».

Менее вероятная, но допустимая версия — семинарское происхождение. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали «благозвучные» фамилии по именам святых. Юстинский мог стать результатом такой искусственной «латинизации»: от имени Юстин с добавлением суффикса -ский, который в семинарской среде считался признаком образованности и книжности. Однако для семинарских фамилий типичнее формы на -инский или -ский от латинских основ (например, Аполлонский, Аристидов), а Юстинский звучит скорее как топонимическая фамилия.

Социальный срез фамилии двоякий. Если она топонимическая — носители могли быть как дворянами (владельцы поместья), так и крестьянами, которых записывали по месту жительства. Если семинарская — это потомки духовенства. В любом случае, фамилия редкая: в современных справочниках она почти не встречается, а в дореволюционных метрических книгах эпизодически фиксируется на территории современной Украины и Беларуси, что подтверждает её западное происхождение.