Фамилия Юсупкина — женская форма, а мужская, Юсупкин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа личного имени + суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на «чей?» — то есть буквально «сын Юсупки» или «человек из рода Юсупки». Но если имя Юсуп — тюркское и хорошо известно (арабское Юсуф, библейский Иосиф), то форма Юсупка — это уже чисто русское просторечное или уменьшительное образование от того же имени, с характерным для разговорной речи суффиксом -к(а). То есть предок носителя фамилии звался, скорее всего, Юсупкой — не официально, а в быту, в семье или в деревне.

Такая модель — от уменьшительной формы полного имени — типична для фамилий, которые складывались в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей. Полные имена типа Юсуп давали детям в татарских, башкирских и других тюркоязычных семьях, принявших православие, либо в русских семьях, где имя заимствовали через соседей. Фамилия Юсупкина географически тяготеет к Поволжью и Приуралью: в этих регионах особенно много носителей, что косвенно подтверждает связь с татаро-башкирской средой. Встречается она и в центральных областях России, но уже как редкая.

Любопытная деталь: в отличие от фамилии Юсупов, которая тоже восходит к имени Юсуп, но образована напрямую от полной формы (суффикс -ов), Юсупкин — более «народный» вариант. Уменьшительный суффикс -к(а) в основе часто выдаёт недворянское происхождение. Юсуповы — известный княжеский род, а Юсупкины — скорее потомки крестьян или мещан, чьи предки не носили официального родового имени, а пользовались домашним прозвищем. В документах XVII–XVIII веков форма Юсупка нередка: так могли записать человека при переписи, не задумываясь о «благородном» звучании.

Иных версий, кроме как от имени Юсуп через уменьшительную форму, для этой фамилии нет. Связывать её с каким-либо ремеслом или прозвищем по внешности не приходится — корень здесь чисто именной, тюркского происхождения. В современной России фамилия Юсупкина не частотна, но устойчиво держится в тех же регионах, где и три-четыре века назад.