Фамилия Южкова — женская форма фамилии Южков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Южок, образованное от прилагательного «южный». Прямое значение — человек, пришедший с юга, либо тот, кто живёт в южной части селения. Такие прозвища по сторонам света (Север, Восток, Запад) встречаются в русских говорах, но Южок — один из самых редких. Чаще в этой роли выступало слово «Южанин» или «Южак», но уменьшительно-ласкательная форма на -ок указывает, что носитель мог быть младшим в семье или просто невысоким, щуплым мужчиной.

Суффикс -ов в мужской форме Южков типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный или -о/-ё (Южок → Южков). Такая модель была основной в центральных и северных губерниях России в XVI–XVII веках. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди. В переписных книгах и ревизских сказках Южковы могли записываться как «Южков сын», что закрепляло прозвище за родом.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России — Воронежской, Ростовской, Волгоградской областям, а также к Краснодарскому краю. Это логично: прозвище «южный» давали именно переселенцам с юга, а не наоборот. Встречается и в Сибири, куда фамилию принесли переселенцы конца XIX — начала XX века.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «южок» могло означать не только южанина, но и прозвище человека с тёмным цветом волос или кожи — «южный» тип внешности. Такое значение не зафиксировано в словарях как основное, но вполне возможно в народной этимологии. Других версий происхождения, кроме прозвищной, для этой фамилии нет — ни от имени, ни от профессии.