Фамилия Загоняйко звучит как глагол в повелительном наклонении, и это не случайность. Она образована по продуктивной в украинской ономастике модели от формы «загоняй» — то есть «загоняй, пригоняй». Суффикс -ко — типичный уменьшительно-ласкательный или фамильный для украинских фамилий (ср. Гуляйко, Стукайко, Бросайко). Такие фамилии часто возникали как прозвища, закреплённые за человеком по его привычке, занятию или команде, которую он часто отдавал.

Основа «загоняй» восходит к глаголу «загонять». В прямом смысле это могло относиться к пастуху, который загонял скот в загон, или к погонщику, управляющему лошадьми. Однако в переносном, ироничном значении так могли прозвать человека настырного, деятельного, который «загонял» других работой, или, наоборот, того, кто сам постоянно спешил и торопился. В украинских говорах слово «загоняти» имело и оттенок «заставлять много работать», так что прозвище могло закрепиться за хозяином, который не давал передышки батракам.

Географически фамилия Загоняйко — почти исключительно украинская, с наибольшей концентрацией в центральных и восточных областях Украины (Полтавская, Черкасская, Харьковская). В России она встречается редко и, как правило, у потомков переселенцев с Украины. Сословного барьера у неё не было: прозвище могли дать и казаку, и крестьянину, и мещанину — фамилия фиксируется в ревизских сказках XIX века среди разных слоёв.

Любопытно сравнить её с однокоренными фамилиями Загонов, Загоннов. Те образованы от топонима или прозвища «Загон» (например, человек, живший за гоном — за пашней или участком). Загоняйко же сохранила глагольную динамику: она не про место, а про действие. Это делает её более редкой и выразительной — в русских фамилиях такая модель (чистый императив) почти не встречается, а в украинских она вполне обычна.

Написание фамилии устойчиво: через «а» в корне и с окончанием -ко. Вариант Загоняйко с двумя «н» (Загонняйко) ошибочен и в документах не фиксируется. Ударение, по наблюдениям, падает на последний слог: Загоня́йко.