Фамилия Закишев образована от мужского личного имени Закиш. Это уменьшительно-ласкательная форма тюркского имени Закир (араб. «поминающий Бога», «восхваляющий»). В тюркской среде, особенно у татар и башкир, было принято укорачивать полные арабские имена: Закир превращался в Заки, а затем, с помощью русского уменьшительного суффикса -ш, — в Закиш (по аналогии с Гриша от Григорий, Паша от Павел). Русский патронимический суффикс -ев добавили при оформлении фамилии, когда она фиксировалась в официальных документах: «чей?» — Закишев, то есть сын Закиша.

Словообразовательная модель здесь двойная: сначала тюркское стяжение имени, затем русский суффикс принадлежности. Это типично для фамилий поволжских татар и других народов, контактировавших с русским населением в XVI–XIX веках. В метрических книгах и ревизских сказках Казанской, Оренбургской и Уфимской губерний фамилия Закишев встречается с середины XIX века, что указывает на её сравнительно позднее закрепление — в период массового присвоения фамилий нерусским крестьянам и мещанам.

Иногда основу связывают с диалектным словом «закиш» — так в некоторых говорах называли закисшее тесто или остатки закваски. Но эта версия маловероятна: прозвище от названия едва ли дали бы человеку, а для фамилии на -ев такое слово нехарактерно. Кроме того, в тюркских языках нет корня «зак» со значением «киснуть». Поэтому арабское имя Закир остаётся основной и единственной убедительной гипотезой.

Среди носителей фамилии Закишев много людей тюркского происхождения, но встречаются и русские, получившие её через браки или усыновление. Географически фамилия рассредоточена: помимо Татарстана и Башкортостана, она фиксируется в Астраханской области, на Урале и в Западной Сибири — в местах, куда переселялись татары-земледельцы в XIX веке.