Фамилия Залогин в своей основе имеет прозвище Залога, а оно — слово «залога», у которого в разных славянских говорах обнаруживается несколько значений. В одних диалектах залогой называли непаханую землю, целину; в других — преграду, заслон. Человек мог получить такое прозвище по месту жительства: на целине или в труднопроходимой местности. Но есть и иная версия: прозвище могло быть связано со словом «лог» — овраг, ложбина, низменность или луг. Тогда Залогой называли того, кто жил «за логом».

В украинском языке «залога» имеет военные значения: гарнизон, засада, охрана, вооружённый отряд, который хорошо замаскировался. Отсюда — версия, что прозвище могло принадлежать военному человеку. В таком случае фамилия Залогин — потомок того, кто нёс сторожевую или гарнизонную службу.

Морфологически фамилия образована по типичной русской модели: основа Залог- + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Так что Залогины — это буквально «дети Залоги». Это одна из самых распространённых моделей в северных и центральных областях России.

Спорных корней в фамилии нет: все варианты — от нарицательного «залога», но вот какое из значений стало личным прозвищем — вопрос открытый. Ответ зависит от того, где именно жили первые носители фамилии. Без привязки к конкретной местности и архивным записям однозначно сказать, кем был первый Залогин — земледельцем на целине или военным в гарнизоне, — невозможно.