Фамилия Замаруева образована от прозвища или мирского имени Замаруй, а оно, в свою очередь, — от глагола «замарать», то есть испачкать, загрязнить. На первый взгляд значение кажется обидным, но в русской ономастике подобные именования часто не несли отрицательного смысла. Замаруей могли в шутку назвать ребёнка, который вечно возится в грязи, или, наоборот, дать имя с охранительной функцией: считалось, что «плохое» имя оттолкнет злых духов и нечистую силу.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ев присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае основа «Замаруй» перешла в фамилию Замаруев, а женская форма Замаруева закрепилась как вариант для женщин или как исходная форма, если фамилия была записана от матери. Интересно, что в некоторых говорах слово «замаруха» означало не только грязнулю, но и вид растения или неудачливого человека, что расширяет возможные источники прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Замараев, Замарацкий, Замарухин — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксальным оформлением. Фамилия Замаруева встречается реже, чем Замараев, и тяготеет к северо-востоку европейской части России: в архивных записях XVIII–XIX веков носители зафиксированы в Вологодской и Пермской губерниях. Это позволяет предположить, что предки были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище закрепилось в конкретной местной среде.

В труде Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования описываются как типичные для фамилий от прозвищ, характеризующих внешность или поведение. Споров о происхождении практически нет: корень очевиден, а суффикс -ев указывает на принадлежность — «сын Замаруя». Никакой связи с малороссийскими или польскими корнями не прослеживается, это чисто русская фамилия, возникшая в простонародной среде.