Фамилия Замота — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Корень здесь — глагол «замотать», и, в отличие от многих фамилий, значение прозвища не стёрлось за века, а остаётся вполне прозрачным. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования от глагольных основ без дополнительных формантов классифицируются как «прозвищные фамилии» — их немного, и они особенно ценны для историков языка, так как сохраняют живую разговорную лексику прошлого.

Прозвище Замота могли дать человеку по двум разным, почти противоположным линиям. Первое и самое очевидное — нерасторопный, медлительный человек, которого «замотали» дела, или тот, кто вечно путается, отлынивает. В некоторых говорах «замотой» называли небрежного работника, который делает дело кое-как. Вторая версия, напротив, рисует образ человека суетливого, чрезмерно хлопотливого, который сам себя «замотал» в бесконечных заботах. Такая двойственность — обычное дело для старых прозвищ: одно и то же слово могло даваться и за недостаток, и за избыток качества.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям. Встречается она и в Беларуси. Это даёт основание предположить, что в основе мог лежать диалектный глагол «замотать» в значении «завернуть, закутать» — тогда прозвище мог получить человек, носивший необычную одежду, или, например, торговец тканями, который постоянно мотал и заматывал товар. Однако первая, «поведенческая» версия остаётся самой распространённой в ономастике.

С точки зрения словообразования, фамилия Замота стоит в одном ряду с такими же прозвищами без суффиксов: Несмеяна, Заика, Вертихвостка. Но если последние чаще становились женскими прозвищами, то Замота — скорее мужское. Суффикс -а в мужском прозвище — типичная черта украинского и белорусского влияния, где такие формы (Голова, Скиба, Замота) обычны для фамилий, не прошедших русификацию через -ов. Это значит, что носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где прозвища давались метко и без лишних формальностей.