Фамилия Занкидаров — редкая и неочевидная с точки зрения корня. Её основа — «занкидар» — в русском языке не встречается, а значит, мы почти наверняка имеем дело с заимствованием или искусственным образованием. Самая правдоподобная версия ведёт к тюркским языкам, где легко выделяется компонент «занки» (от «занги» — чёрный, тёмный, или от имени Занки, Заки) и суффикс принадлежности «-дар», который в персидском и тюркском означает «имеющий», «держащий». Таким образом, «занкидар» могло означать «обладающий чёрным», «чернокожий» или, что вероятнее, «носящий имя Занки» (то есть потомок или слуга человека по имени Занки/Заки). В пользу этой версии говорит и ареал: фамилия встречается в основном у народов Кавказа и Поволжья, где такие модели (основа + -дар) не редкость.

Русский суффикс «-ов» в конце — стандартная русификация фамилий нерусского происхождения, которая происходила при записи в документы в XIX — начале XX века. Первоначальная форма могла быть Занкидар, Занкидаров — это уже «притяжательная» форма на русский лад, отвечающая на вопрос «чей?». Если бы фамилия осталась в тюркском варианте, она звучала бы как Занкидарлы (с суффиксом принадлежности «-лы»).

Вторая, менее популярная гипотеза — связь с арабским корнем «занк» (узкий проход, переулок) или «зинджи» (негр). Но в этом случае суффикс «-дар» выглядит натяжкой: «занкдар» могло бы означать «владелец переулка», что для прозвища маловероятно. Поэтому версия с личным именем Занки (уменьшительное от Заки — «чистый, благочестивый» на арабском) выглядит убедительнее: прозвище «Занкидар» давали человеку, который был известен как «тот, у кого есть Занки» (например, слуга или воспитанник).

Сословная принадлежность предков-Занкидаров не прослеживается — фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась в среде татар, башкир или народов Дагестана. Встречаемость её крайне низкая, что делает каждую такую фамилию отдельной загадкой. Единственное, что можно сказать наверняка: носитель фамилии Занкидаров — потомок человека, которого когда-то прозвали по имени или качеству, а затем это прозвище «обрусело» до привычной формы с отчеством на «-ов».