Фамилия Запрудскова — женская форма фамилии Запрудсков, а та, в свою очередь, образована от географического названия или прозвища через редкий суффикс -ск-. В отличие от массовых -ов и -ин, суффикс -ск- в русских фамилиях указывает на происхождение от названия места (села, усадьбы, реки) или на принадлежность к определённой местности. Основа здесь — «запруд(а)», то есть место за прудом, у пруда, либо искусственная запруда на реке.

Корень «пруд» в славянской ономастике встречается часто, но именно форма «Запрудский/Запрудсков» встречается реже, чем, скажем, Запруднов или Запрудцев. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из деревни или хутора с названием Запруды, Запрудное или Запрудская. Такие топонимы распространены в центральной России и на Украине — везде, где есть пруды и запруды. Фамилия могла закрепиться за крестьянином, переехавшим в другой уезд: его называли «Запрудский» (то есть из Запрудов), а в документах, особенно в северных и вятских говорах, где любили усекать окончания, форма могла перейти в Запрудсков (на манер фамилий Муравский — Муравсков, Коломенский — Коломенсков).

Мужской вариант Запрудсков — типичная «усечённая» фамилия, характерная для Вологодской, Архангельской и Вятской губерний. Там прилагательные на -ский нередко теряли -ий, превращаясь в Запрудсков, Рождественсков, Воскресенсков. Женская форма Запрудскова, таким образом, несёт двойную информацию: и о месте происхождения рода (запруда, пруд), и о регионе бытования — скорее всего, Русский Север или Вятка. Сословно такие фамилии чаще всего принадлежали крестьянам или церковнослужителям, но не дворянам (дворянские фамилии на -ский обычно сохраняли полную форму).