Фамилия Запукин образована от прозвища Запука. В основе, скорее всего, лежит глагол «запукать» — в псковских и тверских говорах это означало «забить, загнать, заколотить», а в переносном смысле — «запугать, застращать». То есть Запукой могли прозвать человека, который легко поддавался страху, был пугливым, или, наоборот, того, кто любил пугать других, задиру. Вторая версия менее вероятна, но тоже имеет право на существование: в некоторых диалектах «запука» — это нечто запекшееся, засохшее, но прозвище с таким значением было бы слишком редким.

Модель образования простая: к основе Запук- добавлен суффикс -ин, характерный для русских фамилий, которые произошли от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а. Фамилия указывает на принадлежность: «чей сын?» — Запукин, то есть сын Запуки.

Фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и северо-западных областях России, особенно в бывшей Псковской губернии. Это неудивительно: именно там фиксируется диалектный глагол «запукать». География подсказывает, что предки Запукиных были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, жившими в псковских или новгородских землях.

В написании фамилии нет сложностей, но стоит обратить внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог — Запу́кин. Беглого гласного в корне нет, форма устойчивая.

Известных носителей с этой фамилией, которые бы оставили заметный след в истории или культуре, нет. Фамилия осталась в разряде редких, бытовых, что только подчеркивает её прямую связь с живым народным словом и конкретным прозвищем, а не с книжным или официальным именем.