Фамилия Запинёва — женская форма фамилии Запинёв, и её разумнее всего рассматривать в мужском варианте, так как именно он несёт историческую и смысловую нагрузку. В центре внимания здесь не корень в чистом виде, а редкий суффикс -ёв. В русских фамилиях суффиксы -ов/-ев стандартны для образования от существительных и прилагательных (Петров, Смирнов), а -ёв встречается реже и почти всегда указывает на специфическое ударение в исходном прозвище. Если бы основа звучала как «Запин», фамилия, скорее всего, писалась бы через «-ов» — Запинов. Вариант с «ё» — Запинёв — намекает на то, что в основе лежало слово «запин» или «запина» с ударением на последний слог.

Самая прямая версия происхождения — от прозвища Запина или Запин. В говорах «запина» означала «препятствие», «задержку», «то, что заставляет споткнуться». Человек, получивший такое прозвище, мог быть медлительным, нерешительным или, напротив, тем, кто чинил помехи другим. Однако в ономастике часто встречается и обратная логика: прозвище могло быть ироничным, данным «наоборот» — бойкому и быстрому человеку. Глагол «запинать» (запинаться) широко известен, и прозвище могло возникнуть как характеристика речи: заика, человек, который «запинается» при разговоре. Это одна из наиболее правдоподобных бытовых версий — фамилии, образованные от особенностей речи, встречаются часто (например, Заикин, Шепеляев).

Менее очевидная, но возможная версия — связь с диалектным словом «запин» в значении «засов», «задвижка» или «запор». В этом случае прозвище могло относиться к плотнику или кузнецу, делавшему замки и запоры, либо к человеку, жившему за крепкими запорами — скрытному и замкнутому. Словарь русских народных говоров фиксирует слово «запинка» в значении «задвижка у двери» в северных и сибирских говорах, что даёт географическую привязку: носители фамилии могли происходить из этих регионов.

Суффикс -ёв, а не -ев, дополнительно указывает на то, что фамилия не подверглась книжной унификации и сохранила народное произношение. В письменных источниках XVIII–XIX веков фамилии с -ёв часто записывали через «е» (Запинев), и лишь в XX веке, после реформы орфографии, буква «ё» стала обязательной. Поэтому в старых метрических книгах фамилию стоит искать в обоих написаниях.

Сословная принадлежность Запинёвых не определяется однозначно. Фамилия не встречается в списках столбового дворянства, что исключает аристократическое происхождение. Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а фамилия закрепилась в среде, где прозвища давали по внешним признакам, поведению или ремеслу. В современной России фамилия редкая, что делает её ценной для генеалогического поиска: каждая ветвь, скорее всего, ведёт начало от одного конкретного прозвища, а не от массового «переименования» по имени отца.