Фамилия Запупыркина — редкий случай, когда прозвище, от которого она произошла, почти наверняка звучало иронично или насмешливо. В основе лежит слово «пупырка» — в русских говорах так называли небольшой бугорок, шишку, прыщик или почку на растении. Приставка «за-» в прозвище Запупырка могла означать либо «тот, кто за пупырками» (например, любитель собирать травы или грибы с характерными наростами), либо, что вероятнее, человека с необычной, «пупырчатой» внешностью — рябого, с бородавками или просто с неровной кожей лица. В крестьянской среде такие прозвища давали без злого умысла, по самому заметному внешнему признаку.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Запупырк(а) добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Запупырки»). Женская форма Запупыркина — это не род деятельности, а указание на то, что речь идёт о женщине из рода Запупыркиных. Мужской вариант фамилии — Запупыркин. Суффикс -ин — один из самых распространённых в северных и центральных регионах России, где фамилии часто образовывали от прозвищ и имён, заканчивающихся на -а или -я.

Географически фамилия тяготеет к северным и вологодским говорам, где слово «пупырка» было особенно употребительно. Встречаются и однокоренные фамилии — Пупыркин, Запупырин, Пупырев. Все они восходят к одному смысловому гнезду. В отличие от «Пупыркина», форма с приставкой «за-» встречается реже и могла указывать на более конкретную, локальную характеристику человека — например, на жителя определённой местности, где было много «пупырок» (кочек или холмов), или на того, кто постоянно ходил «за пупырками» (собирал что-то).

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянские роды такие «говорящие» прозвища проникали редко, если только не были переосмыслены или не утратили первоначального значения. В документах XVII–XIX веков фамилия могла фиксироваться в разных написаниях — Запупыркин, Запупыркина, реже Запупырсков, — пока не устоялась современная форма.

Таким образом, фамилия Запупыркина — это не загадка, а прямая речь предка: прозвище, данное по внешности или привычке, которое со временем стало семейным именем. Никакого тайного смысла или благородного происхождения за ней нет, но есть живая связь с народным языком и бытом.