Фамилия Зайнчковский — один из тех случаев, когда внешне славянская форма скрывает совсем не славянский корень. На первый взгляд, перед нами типичная польская или украинская фамилия на -ский, образованная от географического названия. И действительно, в Польше есть населённые пункты Зайончково (Zajączkowo) и Зайончки (Zajączki), названные от слова zając — «заяц». От них могли образоваться фамилии Зайончковский или Заенчковский, которые со временем упростились до Зайнчковского. В этом случае предок был либо помещиком, владевшим таким селом, либо выходцем из него.

Однако есть и вторая, более неожиданная версия, которую поддерживают некоторые ономасты. Фамилия может восходить к еврейской фамилии Зайнчковский, которая, в свою очередь, происходит от идишского имени Зейнвел (Zaynvel) или от названия местечка. В Российской империи еврейские фамилии нередко получали «польский» суффикс -ский, особенно на территориях бывшей Речи Посполитой, чтобы звучать более привычно для местного дворянства и чиновников. Так, Зайнчковский мог возникнуть как патроним — от имени Зейнчко (уменьшительная форма от Зейнвел), что означало «сын Зейнчко». Фонетически это объясняет сохранение сочетания «айн» вместо славянского «ён» или «ен».

Третья, более редкая гипотеза связывает фамилию с немецким словом зайн (sein — «быть») или названием реки Зайне, но эти версии не имеют серьёзной доказательной базы и скорее относятся к народной этимологии.

Таким образом, у Зайнчковского два основных пути происхождения: либо это славянская «топонимическая» фамилия от названия деревни, связанной с зайцами, либо еврейская фамилия, адаптированная через польскую модель. Определить, какой из них верен для конкретного носителя, можно только по семейным преданиям, документам о месте рождения предков и конфессиональной принадлежности. В любом случае, фамилия — живой след миграций и языковых контактов на границе славянского, немецкого и еврейского миров.