Фамилия Зайнитдинов — одна из тех, что с ходу выдают мусульманское происхождение, и её разбор стоит начать не с корня, а с модели образования. Она построена по арабо-персидской схеме, где к основе добавляется компонент «-дин» (араб. «дин» — вера, религия). Полное имя, от которого пошла фамилия, — Зайнитдин. Первая часть «зайн» (араб. «зайн» — украшение, краса) даёт значение «украшение веры» или «краса религии». Это типичное теофорное имя, прославляющее ислам, распространённое у татар, башкир и народов Средней Азии.

Однако русский суффикс «-ов» превращает восточное имя в фамилию по стандартной модели, принятой у крещёных и не только у крещёных народов Российской империи. В XIX — начале XX века татары и башкиры, получая фамилии, часто оформляли их по русскому образцу: к отцовскому имени добавляли «-ов» или «-ев». Так Зайнитдин стал Зайнитдиновым. Это не исключение, а массовое явление: достаточно вспомнить Абдуллина, Хайруллина, Галиева.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям. Встречается и у казахов, но там чаще пишется без суффикса — Зайнитдин. В русской среде фамилия редкая, и её носители почти всегда имеют тюркские корни.

Интересная деталь: в некоторых старых метрических книгах можно встретить вариант «Зайнитдиновъ» с твёрдым знаком на конце — это чисто орфографическая норма до реформы 1918 года. А вот двойное написание с «т» или без (Зайнидинов) — уже следствие нестабильности устной речи: в тюркских языках звук «т» в середине имени мог редуцироваться. Но исторически правильный корень — именно с «т»: Зайнитдин, а не Зайниддин (хотя в арабском было бы «Зайн ад-Дин», но в тюркской огласовке «т» закрепился).

Сословного барьера у фамилии не было. Зайнитдиновыми могли быть и муллы, и крестьяне, и купцы. Никакой элитарной привязки — только указание на имя отца, который, скорее всего, был набожным человеком, раз выбрал для сына имя с религиозным смыслом.