Основой фамилии Зеленьков послужило мирское имя Зеленек. Вполне вероятно, что в мирское имя Зеленек был вложен особый смысл, связанный с символикой зеленого цвета, который в представлениях многих народов олицетворял весну, созревание, плодородие, воскрешение, жизнь. Поэтому Зеленьком довольно часто родители называли своего малыша, желая ему долголетия. Поэтому имя Зеленек мог носить и неопытный человек, не достигший соответствующего возраста. Веселовского, в котором упоминаются: Зеленый Иван Андреевич, конец XVI века ; помещики Зеленые, 1532 год; новгородский помещик Зеленя Бирилев, конец XV века; Дмитрий Иванович Зеленин, 1600 год. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Зеленек, со временем получил фамилию Зеленьков.