Фамилия Зеленькова — женская форма от Зеленьков, и её разбор стоит начать с суффикса -ов, а не с корня. В русском языке фамилии на -ов/-ев образуются от названий, прозвищ или профессий отца: Зеленьков значит «сын Зеленька». А вот само прозвище Зеленько напрямую связано с прилагательным «зелёный» или существительным «зелень».

Корень здесь прозрачен, но не так прост, как кажется. Чаще всего Зеленько давали человеку с бледным, землистым или, наоборот, слишком ярким цветом лица — в народе говорили «зеленый» про больного или неопытного юнца. Однако есть и другая, более редкая версия: в южных и западных говорах «зеленью» называли растительность, зелень на огороде, и прозвище могло закрепиться за крестьянином, который торговал овощами или зеленью на рынке. Также не исключено, что основой послужило мирское имя Зелень — в дохристианской традиции так могли назвать ребёнка, родившегося весной или в пору сенокоса.

Фамилия Зеленькова — не самая распространённая, но и не редкая. Географически она чаще встречается в центральных и южных областях России, особенно в Курской, Воронежской и Белгородской губерниях, где суффикс -ко в прозвищах был типичен для украинского и южнорусского влияния. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из этих регионов.

Однокоренные фамилии — Зеленин, Зеленов, Зеленков — образованы по той же модели, но с разными суффиксами. Зеленьков выделяется именно уменьшительно-пренебрежительным суффиксом -к-, который придаёт прозвищу оттенок «малый, молодой зелёный»: не просто зелёный, а Зеленько — «зелененький», что могло относиться к подростку или неопытному работнику. Таким образом, фамилия Зеленькова несёт в себе не столько цветовую характеристику, сколько социальный или возрастной портрет предка — скорее всего, молодого человека с необычной внешностью или занятием, связанным с зеленью.