Фамилия Зеленцкий в первую очередь обращает на себя внимание суффиксом -цк(ий). Это типичная черта польской или украинской шляхетской ономастики, хотя в России такие фамилии тоже встречались, особенно среди духовенства и дворянства, которое получало их по названиям имений или церквей. В отличие от массовых «притяжательных» фамилий на -ов/-ев, суффикс -ский указывал на принадлежность к месту или, реже, на происхождение от прозвища с оттенком изысканности.

Корень здесь — «зелен-». Самое очевидное объяснение: прозвище Зеленец. Так могли называть молодого, неопытного человека (сравните «зелёный юнец»), либо того, кто работал с зеленью — красильщика тканей, огородника или торговца травами. В южнорусских и украинских говорах «зеленец» — это также огурец, а в некоторых областях — недозревший хлеб на корню. Второй, более редкий вариант: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Зеленцы или Зеленая, что особенно вероятно для западнорусских земель, где топонимы на -цы давали фамилии на -цкий.

Интересно, что фамилия Зеленцкий практически не имеет однокоренных «двойников» с другим суффиксом: Зеленцов встречается часто, а Зеленцкий — редкость. Это намекает на то, что её носители, скорее всего, происходили из одной локальной группы — либо из мелкопоместной шляхты (где фамилии на -ский были нормой), либо из духовного сословия, где семинаристам нередко давали «благородные» фамилии по внешним признакам. Если верить историческим записям, в XIX веке Зеленцкие фиксировались преимущественно в Черниговской и Киевской губерниях, что подтверждает украинско-польский след. Таким образом, предок носителя этой фамилии мог быть либо «зелёным» новичком, получившим прозвище за молодость, либо владельцем земли с характерным названием — и в любом случае принадлежал к среде, где фамилии оформляли по шляхетскому образцу.