Фамилия Зеленукин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не напрямую от слова, а через цепочку уменьшительно-ласкательных форм. Основа здесь — прилагательное «зелёный», но не в прямом значении цвета. Скорее всего, так в старину называли человека с нездоровым, землистым оттенком кожи, молодого («зелёного» по неопытности) или, наоборот, того, кто постоянно работал с зеленью — выращивал овощи или торговал ими.

Главная особенность фамилии — её суффикс. Формант -ухин (от прозвищ на -уха) встречается реже, чем стандартные -ов или -ин. В данном случае прозвище «Зеленуха» могло относиться к человеку с зеленоватым лицом или к птице (например, к зеленушке — лесной пташке). Но фамилия пошла не от птицы, а от человека: Зеленуха — это прозвище, а Зеленукин — «чей?» — сын или потомок Зеленухи. Двойной уменьшительный суффикс -ук- (Зелен-ук-а) усиливает пренебрежительный или ласкательный оттенок, что типично для деревенских прозвищ.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где были распространены модели на -ухин. Встречается она нечасто, что делает её ценной для локальной истории: носители фамилии, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл. Прямых указаний на дворянское происхождение нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешнему признаку или роду занятий.

Если сравнивать с однокоренными, то Зеленукин стоит особняком. Есть Зеленов, Зеленцов, Зеленин — все они образованы проще и понятнее. А вот Зеленукин сохранил в себе ту самую «уменьшительную» форму, которая указывает на конкретного человека по прозвищу, а не на абстрактный признак. Это не фамилия-характеристика, а фамилия-отчество от прозвища, что типично для русского ономастикона XVII–XVIII веков.