Фамилия Зеленухин образована по русской модели с суффиксом -ин от прозвища Зеленуха. Суффикс -ин (а не -ов) указывает на то, что в основе лежит слово женского рода или прозвище с окончанием -а. Таких фамилий в русском языке относительно немного, и они чаще встречаются в северных и центральных регионах России. Слово «зеленуха» имеет несколько значений. В диалектах так называли незрелые ягоды, плоды или зелень вообще — например, молодую траву или листья. Отсюда прямой путь к прозвищу: Зеленухой могли назвать человека с зеленоватым оттенком кожи (бледного или нездорового), либо того, кто постоянно ходил в зеленой одежде. Ещё одна версия — прозвище давали юному, неопытному человеку, «зеленому» в переносном смысле. В народной культуре зеленый цвет символизировал весну, молодость и плодородие, но в бытовом прозвище чаще отражали внешность или привычку, а не символику. Встречается и топонимическое объяснение: Зеленухой могли называть местность, богатую растительностью — например, деревню или урочище. Если предок жил в таком месте, прозвище закреплялось за ним по месту жительства. В письменных источниках фамилия Зеленухин фиксируется с XIX века, преимущественно в крестьянской среде центральных губерний. Встречаются варианты написания Зеленухин и Зеленухин — через «е» в первом слоге, что связано с аканьем в произношении. Родственные фамилии — Зеленов, Зеленский, Зеленцов — образованы от других основ, но объединены общим корнем «зелен-».