Фамилия Зелепупкинасан — редкий случай в русской ономастике, где в одной словоформе сплелись сразу две разные традиции образования фамилий. С точки зрения носителя языка, она выглядит громоздкой и необычной, но её устройство поддаётся разбору, если отделить основу от суффиксов.

Первое, что бросается в глаза — финальная часть «-асан». В русских фамилиях такой суффикс не встречается, зато он типичен для тюркских и кавказских языков, где служит патронимическим показателем (указывает на происхождение от отца). Однако в паре с «Зелепупкин-» это выглядит как искусственное или книжное соединение: скорее всего, перед нами сложная фамилия, возникшая в результате слияния двух основ. Первая часть — «Зелепупкин» — вполне русская по модели: корень «зелепупк-» плюс типичный притяжательный суффикс «-ин», означающий «чей-то» (ср. Сорокин, Пушкин). Вторая часть «-асан» могла быть добавлена уже позже, например, при переписи или адаптации фамилии в среде, где были распространены восточные окончания.

Сама основа «зелепупк-» звучит как прозвище, образованное от слов «зелёный» и «пупок». В русских говорах «зелепупок» — диалектное название лягушки (зелёное брюшко). Прозвище могли дать человеку с зелёноватым оттенком кожи, либо тому, кто был связан с болотистой местностью, либо просто за характер — «скользкий», «холодный», как лягушка. Встречается также вариант «зеленопупик» в значении неопытного юнца, но это уже современное переосмысление.

Если рассматривать фамилию как цельное образование, то её носители, скорее всего, происходят из регионов, где сталкивались русские и тюркские традиции именования — например, из Поволжья, Приуралья или Северного Кавказа. Возможно, предок по мужской линии носил русское прозвище Зелепупка (или Зелепупкин), а затем в документах к нему приписали отчество в местной форме — «асан», что означало «сын такого-то». Со временем это срослось в одну фамилию, которая не подчиняется стандартным правилам склонения (все части, кроме последней, обычно не склоняются).

В словарях Б. Унбегана или В. Никонова подобная фамилия не зафиксирована — это говорит о её крайней редкости и, вероятно, единичном происхождении. Тем не менее, она ярко иллюстрирует, как в одной записи могут уживаться разные языковые пласты: русское прозвище-зооним и тюркский патронимический формант.