Фамилия Зелепукин образована от прозвища Зелепука. По самой распространённой версии, в его основе лежит диалектное слово «зелепупочка» — так в народе называли плодовую завязь. Прозвище, скорее всего, имело иносказательный смысл: Зелепукой могли прозвать маленького ребёнка или совсем молодого, неопытного человека — например, подмастерья, который ещё не набрался мастерства.

Вторая гипотеза связывает прозвище с глаголом «залепить» (замазать, заделать лепкой). В этом случае Зелепука — фонетический вариант прозвища Залепуха. Такое именование относилось к «профессиональным»: Залепухой могли назвать гончара, строителя глиняных мазанок или мастера по обжигу кирпича. Обе версии не противоречат друг другу, но первая выглядит естественнее: фамилия Зелепукин встречается в основном в центральных и южнорусских регионах, где слово «зелепупочка» действительно бытовало в диалектах.

В словообразовательном плане фамилия типична для русского ономастикона. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зелепукин — это «сын Зелепуки». Такая модель (основа на -а, -я плюс суффикс -ин) характерна для прозвищных фамилий, закрепившихся в крестьянской среде к XVII—XVIII векам. Фамилия не относится к дворянским или книжным — она возникла в народной среде, где прозвища давали по внешности, характеру или ремеслу.

Искать в фамилии какой-то один, «правильный» смысл не стоит: диалектная лексика многозначна, и в разных говорах одно и то же слово могло звучать и значить по-разному. Ясно одно: предок нынешних Зелепукиных получил своё прозвище либо за молодость и неопытность, либо за работу с глиной.