Фамилия Зелепнев — редкий случай, когда основа прозвища не лежит на поверхности и заставляет заглянуть в диалектные словари. В отличие от множества фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или названий профессий (Кузнецов), Зелепнев происходит от прозвища, которое, скорее всего, связано с глаголом «зелепеть» или существительным «зелепень».

В говорах северных и центральных областей России «зелепень» означало нечто зелёное, неспелое, молодое. Так могли прозвать недозревший плод, зелёный побег, а в переносном смысле — молодого, неопытного человека, «зелёного» юнца. Вторая версия, менее распространённая, но имеющая место в ономастике, связывает корень с диалектным «зелепый» — бледный, болезненный. В этом случае прозвище Зелепень мог получить человек с нездоровым цветом лица.

Сама модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединился к основе Зелепн-. Форма Зелепнев, а не Зелепенев, указывает на то, что в основе лежала краткая форма прозвища — Зелепень (выпала гласная «е» при склонении: Зелепня → Зелепнев). Это характерно для имён и прозвищ на -ень: Косень → Коснев, Сухень → Сухнев.

Версия об иноязычном происхождении (например, от тюркского корня) маловероятна: фамилия не встречается в зонах активного тюрко-славянского контакта, а её фонетика и словообразование целиком укладываются в русскую модель. Географически фамилия редкая; перепись 1897 года и более поздние данные фиксируют Зелепневых преимущественно в Ярославской и Костромской губерниях — областях, где диалектное слово «зелепень» было в ходу.

Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, получил прозвище по внешнему признаку или по возрасту: был либо очень бледен, либо слишком молод и неопытен для своего дела. Прозвище закрепилось за его потомками, и через несколько поколений превратилось в фамилию, потерявшую изначальный описательный смысл.