Фамилия Зелепужин — один из тех случаев, когда народная этимология может увести в сторону, а истина лежит в диалектной лексике. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «зелень» и не «пузо», хотя сочетание и правда напоминает что-то вроде «зелёное пузо». Но это обманчиво: перед нами типичная «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта.

Основа — топоним Зелепужа или Зелепужино. Такие названия встречаются в южнорусских и украинских землях, особенно в бывшей Слобожанщине и Черноземье. Слово «зелепужа» в местных говорах имело значение «топкое, болотистое место, поросшее зелёной ряской и тиной». То есть это не «зелёное брюхо», а «зелёная лужа» — болотце. Человек, живший у такого болота, получал прозвище Зелепужа, а его потомки — фамилию Зелепужины. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зелепужин, то есть сын или потомок Зелепужи.

Модель образования проста и распространена: от прозвища на -а через притяжательный суффик -ин. Аналогично: Борода — Бородин, Синица — Синицын. В XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по месту жительства или по прозвищу отца, Зелепужин и закрепился.

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами России — это редкий случай, когда корень не имеет параллелей в других славянских языках. В польском или чешском «зелепужа» не зафиксирована, что выдаёт узкорегиональное происхождение. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или однодворцами южных губерний, жившими в сырой низине. Никакого отношения к военной или дворянской среде фамилия не имеет — это чисто народная, бытовая.

В написании стоит обратить внимание на букву «е» после «з»: вариант «Зилепужин» ошибочен и не встречается в документах. Фамилия устойчива к переосмыслению, хотя в устной речи её порой и шутливо связывают с «зелёным животом». Но лингвистически это неверно: корень — именно «лужа», а не «пузо».