Фамилия Зелепугин — один из тех редких случаев, когда написание и произношение пошли по пути, отличному от исходного слова. Чаще всего её считают фонетическим вариантом фамилии Зелепухин, а ту, в свою очередь, выводят из прозвища или мирского имени Зелепуха.

В белорусском языке «зелепуха» означает «малый ребёнок, карапуз, малец». Отсюда первая версия: так могли назвать младенца — по его росту и возрасту. На Руси такие имена (Малыш, Малец, Малюта) были обычным делом: они служили оберегами или просто фиксировали внешность ребёнка. Вторая версия отталкивается от общеславянского корня со значением «зелёный». На Украине «зелепугой» называют незрелые плоды вишни, черешни или сливы. В переносном смысле Зелепухой могли прозвать неопытного, «зелёного» человека — того, кто в чём-то несведущ или ведёт себя по-детски.

Таким образом, фамилия могла возникнуть и как детское прозвище, и как характеристика взрослого. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зелепугин, то есть сын или потомок Зелепуги (Зелепухи). Где и когда именно это произошло, сказать сложно: процесс становления фамилий растянулся на столетия. Но ясно одно: фамилия Зелепугин сохранила в себе живое народное слово, которое почти вышло из обихода, и потому представляет собой ценный памятник славянской лексики и культуры.