Фамилия Зелепугин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Зелепугин послужило мирское имя Зелепуга. Фамилия Зелепугина представляет собой фонетический вариант фамилии Зелепухина, которая образована от именования Зелепуха. В белорусском языке слово «зелепуха» означает «малый ребёнок, малец, малява, карапуз». Скорее всего, в основе фамилии Зелепукина лежит языческое имя, указывающее на размеры младенца. Подобные имена (такие как Малец, Малыш, Малюта и др.) были весьма популярны на Руси. Однако не исключено и то, что фамилия Зелепугина ведёт начало не от народного имени, а от прозвища Зелепуха, которое получил взрослый человек, ведущий себя по-детски, проявляющий в чём-либо незрелость суждений или несамостоятельность. С учётом того, что нарицательное Зелепуха связано с общеславянским корнем со значением «зелёный» (так, родственным словом «зелепуга» на Украине называют незрелые плоды вишни, черешни или сливы), Зелепухой могли прозвать и неопытного в чём-либо человека, то есть того, кого можно было назвать зелёным в переносном значении. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Зелепуха (или Зелепугин), со временем получил фамилию Зелепугин. О точном месте и времени возникновения фамилии Зелепугин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Зелепугин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.